Обеспечение качественного образования, соответствующего мировым стандартам, подготовка конкурентоспособных специалистов, а также формирование высоконравственной личности с современными профессиональными и иными востребованными компетенциями. Основными инструментами являются конкретные научные достижения, отвечающие потребностям общества, государства и личности, внедрение в учебный процесс современных методов обучения, мобильное и динамичное обучение, гибко реагирующее на глобальные изменения и обеспечивающее опережающее развитие экономики Республики Казахстан.
Основной целью деятельности Университета является научное обеспечение и сопровождение реализации государственных программ в области водных ресурсов и подготовка соответствующих кадров на всех ступенях профессионального вузовского и послевузовского образования.
Основным предметом деятельности Университета является образовательные услуги, исследования и разработки в области естественных и технических наук