Магистратура – второй уровень послевузовского образования, направленный на углублённую профессиональную и научную подготовку специалистов.

В Казахском национальном университете водного хозяйства и ирригации подготовка магистров осуществляется по актуальным направлениям в сфере водного хозяйства, водных ресурсов и водопользования, гидрологии, экологии, энергетики, строительства, окружающей среды, государственного управления и других областях.

Обучение ведётся по двум направлениям: научно-педагогическая магистратура – срок обучения 2 года; профильная магистратура – срок обучения 1 год.

Обучение осуществляется на казахском и русском языках. Отдельные дисциплины преподаются на английском языке. Образовательный процесс организован в очной форме обучения и сочетает теоретическую подготовку, научно-исследовательскую работу, практическое обучение и профессиональные стажировки.

Магистранты имеют возможность участвовать в научных проектах университета, работать в современных лабораториях и научно-инженерных школах. Университет активно интегрирован в международное образовательное пространство. Магистрантам доступны программы академической мобильности, зарубежные научные стажировки, а также обучение по программам двойного диплома (Double Degree).

На завершающем этапе обучения магистрант защищает магистерскую диссертацию. Выпускникам присваивается академическая степень «магистр».